No domínio da exploração, gestão e conservação dos recursos marinhos o IPIMAR desenvolve os estudos necessários ao conhecimento

1- da dinâmica dos vários níveis de produção que suportam a vida no mar, nomeadamente do fito e zooplâncton
2 - da distribuição e abundância anual de ovos, larvas, juvenis e adultos das espécies mais exploradas e sua relação com as condições ambientais
3 - da evolução da abundância, biomassa e recrutamento desses recursos e dos efeitos da pesca na sua conservação e produtividade.

Com igual relevo cabe ao IPIMAR investir na inovação em áreas tão prioritárias como o desenvolvimento de artes de pesca mais selectivas, procura de recursos alternativos aos sobre-explorados, melhor aproveitamento das espécies de reduzido valor comercial ou procura de novas concepções e metedologias.

A concretização destes objectivos só pode ser obtida através do desenvolvimento de Projectos de Investigação multidisciplinares, que exigem a utilização dos Navios de Investigação que constituem uma das principais infra-estruturas do IPIMAR.