Os Centros Regionais de Investigação Pesqueira (CRIP) desenvolvem a nível regional investigação e desenvolvimento experimental no domínio das Ciências e Tecnologias do Mar e promovem o levantamento e acompanhamento das necessidades do sector das pescas em termos de apoio científico e técnico.

O IPIMAR dispôe de três Centros Regionais de Investigação Pesqueira:

O CRIP Norte situado em Matosinhos, dá a prioridade à inovação tecnológica e qualidade dos produtos da pesca, dispondo de uma unidade de apoio à indústria, complementar dos laboratórios centrais. Em Aveiro, localiza-se o CRIP Centro que tem como primeira linha de preocupações a pesca local e a pequena pesca costeira. O CRIP Sul sediado na cidade de Olhão, está particularmente orientado para o fomento da  aquicultura e gestão integrada dos recursos e zonas costeiras.